Los descubrimientos de piezas de cerámica y alfarería, así como diversas clases de vestigios arqueológicos son prueba irrefutable de que el sitio donde se levantó el pueblo de Santa Elena fue asiento, en épocas prehispánicas, de un poblado indígena de raza maya.

De 600 a 900 ocurrió su máximo florecimiento, en donde se convirtió en una de las metrópolis más pobladas del llamado «Nuevo Imperio Maya».

Otro de los sucesos que ha tenido trascedencia es la destrucción de Uxmal, ocurrida en el Siglo XV, antes de la llegada de los españoles, durante una serie de guerras civiles, a consecuencia de las cuales este sitio fue abandonado.

De sus antiguos moradores se sabe poco y acerca del nombre de este sitio se sabe que era «Nohcacab» y pertenecía a la Provincia de Tutul Xiu. No ha sido posible determinar la fecha de su fundación hispánica; se sabe que hacia el año de 1627 ya se había establecido en este sitio una encomienda.

Declarada la Independencia de Yucatán y su posterior incorporación al resto de la República Mexicana, Santa Elena pasa a aformar paarte del Partido de Ticul, con territorio del Partido de Tekax.

El pueblo de Santa Elena se erige en cabecera del municipio del mismo nombre en el año de 1918, al disolverse el Partido de Ticul.

En Santa Elena, a un costado de la Iglesia, en la antigua casa cural, se ubica el famoso museo de momias.

En 1980 fueron encontradas las momias, de cuatro infantes.
Fueron halladas durante los trabajos de remozamiento del piso de la Iglesia, que estuvo abandonada por muchos años.

Se encontraron los ataúdes con los restos mortales de los niños, que fueron rescatados por el Instituto Nacional de Antropología e Historia y estudiados cuidadosamente durante varios años.

Los estudios indican que los niños eran descendientes de la élite de la comunidad debido a la ubicación de sus restos y a la vestimenta que llevaban.

Se cree que fallecieron a finales del siglo XVIII o principios del XIX, a causa de una epidemia o de viruela.

Monumentos históricos

Arquitectónicos: Destaca por su estilo la Parroquia de San Mateo, ubicada

Arqueológicos: Existen en el municipio diferentes sitios arqueológicos como lo son: Uxmal, Kabah,Nohpat, Xcoh y Muchich.

Fiestas populares

Del 10 al 24 de enero se celebra la fiesta en honor al Santo Cristo del Amor. El 17 de mayo se realiza la fiesta en honor a las Santos Reyes de San Mateo.

Población

El municipio tiene 3,833 habitantes, de acuerdo con el Censo de Población y Vivienda 2010.

La cabecera del municipio es el pueblo de Santa Elena. Además de la cabecera, el municipio cuenta con las siguientes rancherías: Sacx-axal, Chetoliy, Uitz, Chac, Santa Ana, Yaxché, Sankté, Kabh, Chimay, Sabac-há, San Simón, Ruinas de Uxmal.