Nació el 22 de septiembre de 1932 en Mérida, Yucatán, en el seno de una familia acomodada.

Tras concluir sus estudios básicos en escuelas maristas, viajó a Ciudad de México para asistir a cursos de arte dramático en la Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM.

Comenzó a colaborar en diversas publicaciones literarias como la Revista de la Universidad de México, Revista Mexicana de Literatura, Plural, Vuelta y México en la Cultura, entre muchas otras.

Entre sus ensayos destacan La aparición de lo invisible (1968) y Las huellas de la voz (1982); dio a conocer en México a Robert Musil, (El reino milenario, 1979) y a Heimito Von Doderer (Ante los demonios, 1993); tradujo y comentó a Pierre Klossowski (Teología y pornografía: PK en su obra: una descripción 1975) y tradujo a Herbert Marcuse.

Entre sus novelas sobresalen Figura de paja, (1964), La casa en la playa (1966), La presencia lejana (1968), La cabaña (1969), La invitación (1972), El nombre olvidado (1970), El libro (1978), Inmaculada o los placeres de la Inocencia (1989).

Le concedieron el Premio Juan Rulfo, además del Premio Xavier Villaurrutia, 1972; Elías Souraski de Artes, 1977; Premio Anagrama de Ensayo 1981, por Errancia sin fin: Musil, Borges, Klossowsky; condecoración austriaca Cruz de Honor de Primera Clase para Ciencias y Artes, 1982; Premio Los Abriles, 1984, por De ánima; Premio Nacional de Ciencias y Artes, en Lingüística y Literatura, 1989; Premio de Literatura Antonio Mediz Bolio, 1991; En 1993 fue nombrado Creador Emérito por el Sistema Nacional de Creadores; Medalla Eligio Ancona, Yucatán, 1996. En 2001 fue galardonado con el XI Premio de Literatura Latinoamericana y del Caribe Juan Rulfo.

Juan García Ponce falleció en Ciudad de México el 27 de diciembre de 2003.

Obras

El canto de los grillos — 1958
La feria distante — 1959
Doce y una — trece — 1961
La noche — 1963
Imagen primera — 1963
Figura de paja — 1964
Cruce de caminos — 1965
La casa en la playa — 1966
Nueva visión de Klee — 1966
Juan García Ponce. Nuevos escritores mexicanos del siglo xx presentados por sí mismos — 1966
Rufino Tamayo — 1967
La presencia lejana — 1968
Desconsideraciones — 1968
La aparición de lo invisible — 1968
Nueve pintores mexicanos — 1968
Entrada en materia — 1968
Manuel Álvarez Bravo — 1968
Réquiem y elegía — 1969
La cabaña — 1969
Cinco ensayos — 1969
La vida perdurable — 1970
El nombre olvidado — 1970
El libro — 1970
El reino milenario — 1970
Encuentros — 1972
La invitación — 1972
Thomas Mann vivo — 1972
Joaquín Clausell — 1973
Unión — 1974
El gato — 1974
Trazos — 1974
Leonora Carrington — 1974
Manuel Felguérez — 1974
Teología y pornografía, Pierre Klossowski en su obra: una descripción — 1975
La errancia sin fin: Musil, Borges, Klossowski — 1981
Catálogo razonado — 1982
Figuraciones — 1982
Crónica de la Intervención — 1982
Diferencia y continuidad — 1982
Las huellas de la voz — 1982
De Anima — 1984
Una lectura pseudognóstica de la pintura de Balthus — 1987
Imágenes y visiones — 1988
Inmaculada o los placeres de la inocencia — 1989
Las formas de la imaginación: Vicente Rojo en su pintura — 1992
Ante los demonios — 1993
Pasado presente —
Cinco mujeres — 1995
Personas — lugares y anexas — 1996
De viejos y nuevos amores, Volumen 1: Arte — 1998
De viejos y nuevos amores, Volumen 2: Literatura — 1998
Tres voces
Ensayos sobre Thomas Mann, Heimito von Doderer y Robert Musil — 2000
Entre las líneas, entre las vidas — 2001