Su nombre significa «bandera maya» por derivarse de las voces Maya, nombre de la región y asiento de ese gran Imperio Maya.

Es uno de los municipios creados en la primera mitad del siglo pasado.

Hasta el 24 de enero de 1923 fue rancho del municipio de Chumayel con el nombre de Mayapán.

El 8 de agosto de 1935 el Decreto número 248 crea el municipio de Mayapán.

Se localiza entre los paralelos 20° 26″ y 20° 31″de latitud norte y los meridianos 89° 09″ y 89° 15″ de longitud oeste. Colinda con los siguientes municipios: al norte con Tekit, al sur con Teabo, al este con Cantamayec y al oeste con Chumayel.

El municipio de Mayapán ocupa una superficie de 103.47 Km2.

El 18 de marzo se realiza la fiesta tradicional en honor del Santo Cristo del Amor.

Además de la cabecera, el municipio cuenta con una localidad llamada Ibachil y los ranchos Chacchibilá, Cumax, Cuzamá, San Antonio, San Antonio Techó, San Ignacio, San Juan, San Juan Uc, San Pedro, San Simón, Santa Isabel, Santa María González, Shichechén, Xcotzá y Yaxbacaltún.